Основными группами чернил на водной основе являются так называемые водорастворимые чернила, которые состоят из красителя, полностью растворенного в водяной основе, и пигментные, которые в водном растворе с примесями содержат нерастворимые частицы пигмента. По своим физическим свойствам, водорастворимые чернила имеют высокую плотность, широкий цветовой охват, но низкую стойкость к механическому воздействию, достаточно быстро выцветают и смываются водой. Пигментые чернила имеют более высокую стойкость к выцветанию, часто не смываются водой при использовании на определенных материалах. Цветовой охват пигментных чернил уступает водорастворимым, но все равно является одним из самых больших на рынке струйной печати. Для печати чернилами на водной основе необходимо использовать материалы, специально предназначенные для этих чернил. Следует отметить, что устройства, которые используют чернила на водной основе, позволяют получить самое высокое качество печати, но при этом являются самыми медленными на рынке, так как требуют много времени для полного высыхания оттиска.